Rumah Sakit Paru Respira berawal dengan dibentuknya Lembaga Pemberantasan Penyakit Paru-paru pada tahun 1950 yang bertempat di Jalan Malioboro sebagai induk dengan 4 cabang sebagai Rumah Perawatan Penderita Penyakit Paru-paru (RP5) yang terdapat di daerah Bantul, Wates, Kotagede, dan Mujamuju .

Pada tahun 1978 berubah nama menjadi Balai Pengobatan Penyakit Paru-paru (BP4). Dikarenakan letak induk kurang strategis, pada tahun 1991 Induk berpindah ke daerah Minggiran yang pada tahun 1989 sempat berpindah ke Kalasan.

Tahun 2010 namanya berubah menjadi Rintisan Rumah Sakit Paru Respira yang berkedudukan di Bantul. Pada tahun 2012 kembali mengalami perubahan nama menjadi Rumah Sakit Khusus Paru Respira sampai dengan tahun 2015, kemudian kembali mengalami perubahan nama menjadi Rumah Sakit Paru Respira yang sekaligus meleburkan 4 Unit Pelayanan  (Minggiran, Kotagede, Kalasan, Wates) menjadi satu hingga saat ini.